Gewässer und Feuchtbiotope
Neben den Waldgebieten sind in Flussauen natürlich auch Gewässer und Feuchtgebiete von großer Bedeutung. Nach der FFH Richtlinie finden sich innerhalb der Leipziger Auen mehrere schützenswerte Lebensraumtypen der Gewässer (vgl. Schutzgebiete).
Kleine Stillgewässer im Waldesinneren sind durch die Beschattung der Bäume relativ artenarm. Dennoch bieten sie verschiedenen Tier- und Pflanzenarten Lebensraum. Sie werden floristisch durch Vorkommen von Sumpflabkraut (Galium palustre), Wasser-Sumpfkresse (Rorippa amphibia) und Bitteres Schaumkraut (Cardamine amara) gekennzeichnet. Temporäre Tümpel, Flutrinnen und fischfreie Kleingewässer im Auwald werden von den so genannten lebenden Fossilien Schuppenschwanz (Lepidurus apus) und Feenkrebs (Siphonophanes grubei) bewohnt. Diese Krebstiere schlüpfen schon im Februar aus Dauereiern und sterben ab, wenn die Wassertemperatur über 15° C ansteigt.
Wesentlich artenreicher sind die Kleingewässer außerhalb des Waldes, welche ausgesprochen seltene Arten, die nicht nur in Leipzig zu den faunistischen und floristischen Besonderheiten gehören, beherbergen. So finden sich hier seltene und teilweise stark im Rückgang begriffene Sumpf- und Wasserpflanzen, wie z.B. die Schwanenblume (Butomus umbellatus), Froschbiß (Hydrocharis morsus-ranae) und Pfeilblättriges Helmkraut sowie zahlreiche Amphibienarten.
Von herausragender Bedeutung sind hier, die auch als Naturschutzgebiet ausgewiesene Lehmlache Lauer und die zum Naturschutzgebiet Luppeaue gehörenden Papitzer Lachen. In der Lehmlache Lauer befinden sich bedeutende Vorkommen von Armleuchteralgen und Restvorkommen der Spitzen Sumpfdeckelschnecke (Viviparus conectus). Die Papitzer Lachen zeichnen sich durch artenreiche Teichschlammfluren aus, die im Gebiet der Leipziger Auen fast nur noch hier zu finden sind. Neben dem Moorfrosch (Rana arvalis) kommt auch der Kammmolch (Triturus cristatus) hier vor.